A presença da Rota na Baixada Santista tem gerado preocupação em entidades de direitos humanos, devido à Operação Escudo, que foi iniciada após o assassinato do policial Patrick Bastos Reis em julho de 2023. A operação é vista como uma retaliação institucionalizada e abuso de autoridade por parte da polícia, de acordo com algumas organizações. A justificativa oficial para a operação é o combate ao tráfico de drogas na região, porém, a Defensoria Pública de São Paulo constatou que a maioria das prisões em flagrante não resultou na apreensão de armas, e em muitos casos, não foram encontradas drogas.
A Secretaria da Segurança Pública (SSP) de São Paulo divulgou que a segunda fase da Operação Escudo, chamada de Verão, já resultou na morte de 21 pessoas durante confrontos com os agentes. A operação também registra 620 prisões e 72 armas apreendidas, contando com o reforço do Comando de Operações Especiais (COE).
A prisão de Kaique Coutinho do Nascimento representa um avanço na investigação do assassinato do soldado Samuel Wesley Cosmo e demonstra o trabalho eficiente da polícia na localização e captura de suspeitos. A atuação da Rota na Baixada Santista continua gerando debate e é objeto de investigação por parte de entidades de direitos humanos, devido à Operação Escudo e suas consequências. É importante que as ações policiais respeitem os direitos individuais e atuem de forma transparente e responsável, visando a segurança e o cumprimento da lei.