De acordo com a Força Aérea Brasileira (FAB), Bolsonaro voou de São Paulo para Brasília um dia antes da data da suposta vacinação e não realizou nenhum outro voo até pelo menos 22 de julho de 2021. Além disso, funcionários da UBS afirmaram que não viram Bolsonaro no local na data informada e negaram ter recebido solicitações para registrar a imunização. A enfermeira indicada no cartão de vacinação também negou a realização do procedimento e comprovou, por meio de documentos, que não estava mais trabalhando na UBS na data em questão.
A CGU concluiu que a fraude ocorreu no sistema estadual, já que todos os funcionários da UBS compartilhavam o mesmo login e senha do sistema VaciVida, mantido pela Secretaria Estadual de Saúde de São Paulo. Apesar de não identificarem um agente público responsável, a CGU recomendou o arquivamento do caso, mas enviará os resultados das investigações às autoridades do estado e do município de São Paulo para que possam tomar as providências necessárias.
Além disso, a Controladoria informou que fez diligências no Ministério da Saúde e confirmou a segurança do sistema mantido pela pasta para o recebimento das informações enviadas pelos estados e municípios, e não encontraram indícios de alterações nos registros por parte de servidores públicos federais.
Essa não é a primeira vez que registros falsos de vacinação contra a covid-19 são atribuídos a Bolsonaro. Outros dois registros, supostamente feitos em Duque de Caxias (RJ), foram cancelados antes da investigação da CGU. Suspeitas de um esquema de fraude em cartões de vacinação, que envolveria um secretário municipal, levaram à prisão do tenente-coronel Mauro Cid, ex-ajudante de ordens da Presidência da República em maio do ano passado.
Na época da prisão de Mauro Cid, a defesa de Bolsonaro afirmou que não havia provas suficientes de envolvimento direto do ex-presidente no caso. Em depoimento à Polícia Federal em maio do ano passado, Bolsonaro disse estar à disposição da Justiça e negou ter fornecido orientações a subordinados para alterar seus registros de vacinação.