O time rubro-negro teve um desafio extra para chegar à terceira fase, pois perdeu 12 jogadores e o técnico Mário Jorge, que retornaram ao Rio de Janeiro para integrar o elenco profissional na disputa do Campeonato Carioca. Com isso, apenas 17 atletas estão à disposição da equipe sub-20, comandados pelo auxiliar de Mário Jorge, Raphael Bahia.
O próximo adversário do Flamengo será o São José-RS, a quem os cariocas enfrentaram na primeira fase e venceram por 2 a 1. O time gaúcho conquistou a classificação ao vencer o XV de Piracicaba nos pênaltis, por 6 a 5, após empate por 1 a 1 no tempo normal.
Outros resultados relevantes foram as eliminações do Vasco e do Madureira, que sucumbiram diante de Vitória e Cruzeiro, respectivamente. O time carioca foi derrotado por 4 a 1, enquanto o Madureira perdeu por 1 a 0. O Cruzeiro enfrentará a Portuguesa na próxima fase, enquanto o Vitória terá pela frente o Ibrachina-SP.
O Santos também se classificou ao vencer o EC São Bernardo por 4 a 0. O próximo adversário do Peixe será o Água Santa, que despachou o Juventude por 2 a 1.
Além disso, o Palmeiras manteve vivo o sonho do título ao derrotar o Sport por 3 a 1. O atual bicampeão enfrentará o Aster-SP na terceira fase.
No final, foram divulgados os confrontos da terceira fase, que prometem mais emoção e muitas disputas acirradas. A competição segue com os times em busca do título da Copa São Paulo de Futebol Júnior.