De acordo com a CGU, a falta de controle nos ressarcimentos às farmácias credenciadas, aliada à fiscalização realizada a distância e de forma manual, contribuiu para esses problemas. A auditoria cruzou o Cadastro de Pessoas Físicas (CPF) dos pacientes com autorizações emitidas pelo Ministério da Saúde, além de usar informações de sistemas de registro civil e de mortalidade. O relatório destaca que a situação denota desperdício de recursos públicos e fraude cometida pelos particulares que efetuam a compra, burlando os controles na farmácia, ou pelo próprio estabelecimento.
A CGU constatou que os gastos com remédios sem nota fiscal equivaleram a 18,5% dos R$ 13,8 bilhões desembolsados pelo Farmácia Popular no período da investigação. Ao analisar 362 milhões de registros de venda, 17,4% não estavam cobertos por estoque de medicamentos amparados em documentação fiscal.
A fiscalização foi realizada por meio de amostragens em farmácias em cinco estados, analisando os registros diários de entradas e saídas, comparados com as notas fiscais eletrônicas da Receita Federal. A CGU apontou que esse método é mais eficaz que o procedimento tradicional de verificação mensal consolidada.
Para diminuir os prejuízos, a CGU recomendou a elaboração de um plano de tratamento de risco e o descredenciamento de estabelecimentos que não comprovarem as vendas com nota fiscal. Além disso, a adoção de medidas para recuperação dos recursos pagos indevidamente também foi sugerida. O relatório recomendou que o Ministério da Saúde utilize o sistema Sentinela para reforçar os controles de primeira linha de defesa.
Vale ressaltar que o Ministério da Saúde informou que avalia o resultado e as recomendações da auditoria da CGU, mas não forneceu mais detalhes.
Não é incomum encontrar fraudes no Programa Farmácia Popular, e o governo tem agido para reprimi-las. Em setembro, a Polícia Federal cumpriu 62 mandados de busca e apreensão contra acusados de vendas fictícias de medicamentos em quatro estados. As investigações começaram em outubro de 2022, com base em notícia da venda fictícia de medicamentos por uma rede de farmácias com atuação na Região Sul do país.
