De acordo com a CGU, a falta de controle nos ressarcimentos às farmácias credenciadas onde os medicamentos são retirados foi um dos principais motivos para as fraudes. A fiscalização ocorre, na maioria dos casos, à distância e de forma manual, o que contribui para a falta de controle. Além disso, a distribuição a pacientes falecidos foi constatada cruzando o Cadastro de Pessoas Físicas do paciente com autorizações emitidas pelo Ministério da Saúde e informações de óbitos de outras bases de dados.
A auditoria identificou que os gastos com medicamentos sem nota fiscal equivaleram a 18,5% dos valores desembolsados pelo Farmácia Popular no período investigado. A falta de documentação fiscal também foi um problema recorrente nas análises, indicando um alto índice de vendas sem comprovação.
A fiscalização foi realizada por meio de amostragens em farmácias e drogarias credenciadas em cinco estados. Após a análise, a CGU recomendou o desenvolvimento de um plano de tratamento de risco semelhante aos adotados pela Receita Federal, bem como o descredenciamento de estabelecimentos que não comprovarem as vendas com nota fiscal. Além disso, a CGU aconselhou o aprimoramento dos mecanismos de controle, a recuperação dos recursos pagos indevidamente e o uso de sistemas de monitoramento para reforçar os controles de primeira linha de defesa.
Fraudes no Programa Farmácia Popular não são incomuns e têm sido reprimidas pelo governo. Em setembro, a Polícia Federal cumpriu 62 mandados de busca e apreensão contra acusados de vendas fictícias de medicamentos em quatro estados. As investigações começaram em outubro de 2022, com base em notícia da venda fictícia de medicamentos por uma rede de farmácias atuante na Região Sul do país. Os acusados usavam indevidamente dados de cidadãos para fraudar compras por farmácias.
