O veto à criação do cronograma foi justificado pelo presidente Lula como medida que afetaria diretamente a gestão da execução orçamentária e financeira do Poder Executivo federal, sem previsão constitucional expressa. Além disso, essa medida iria de encontro ao primado de que o Poder Executivo federal estabelece o cronograma financeiro de desembolso, de acordo com a Lei de Responsabilidade Fiscal. A mensagem presidencial ressalta ainda que o prazo de 30 dias para empenho poderia conflitar com a sistemática de execução das despesas orçamentárias, que varia de acordo com cada modalidade de execução e contratação.
Outro ponto polêmico foi o veto ao artigo que estabelecia o mínimo de 0,9% da Receita Corrente Líquida (RCL) do ano de 2022 para emendas de iniciativa de comissões permanentes da Câmara e do Senado. Lula argumentou que não há autorização constitucional para patamar mínimo para tais espécies de emendas.
Além disso, foi retirado da LDO o item que obrigava todo o pagamento de transferência direta da União aos estados direcionado à saúde e assistência social, dentro da modalidade fundo a fundo, ocorrer até o dia 30 de junho de 2024. O presidente Lula justificou o veto apontando que o preceito atingiria diretamente a gestão da execução orçamentária e financeira do Poder Executivo federal, sem previsão constitucional expressa. Ele também argumentou que a proposição aumentaria a rigidez na gestão orçamentária e financeira e dificultaria a gestão das finanças públicas, o que também infringiria a Lei de Responsabilidade Fiscal.
Lula também derrubou emendas relacionadas às chamadas pautas de costumes, como as que impediriam o financiamento de invasão ou ocupação de propriedades rurais privadas; ações tendentes a influenciar crianças e adolescentes a terem opções sexuais diferentes do sexo biológico; ações tendentes a desconstruir, diminuir ou extinguir o conceito de família tradicional; cirurgias em crianças e adolescentes para mudança de sexo; e realização de abortos, exceto nos casos autorizados em lei. De acordo com Lula, tais emendas violariam o comando normativo orçamentário e contrariariam a Constituição Federal.
Essas são algumas das medidas tomadas por Lula ao sancionar a LDO de 2024. Os vetos causaram polêmica e geraram debates sobre a constitucionalidade e viabilidade das propostas presentes na lei.