Entre as questões enfrentadas pelos munduruku, está a presença de um porto operado pela empresa Cargill na região. Este porto tem causado problemas significativos aos indígenas, piorando o acesso a fontes de alimento contaminado nas águas do Rio Tapajós e seus afluentes. Além disso, fomentou a especulação imobiliária na região e provocou um crescimento desordenado da população, impactando negativamente a vida dos munduruku. O Ministério Público também cobrou do Ministério da Saúde a declaração de estado de emergência em saúde pública devido à presença de mercúrio na Bacia do Rio Tapajós proveniente da mineração, que representa mais um desafio para as lideranças munduruku.
O MPF ressalta que os estudos preliminares para a demarcação do território tiveram início em 2004, após uma solicitação dos munduruku, e que a Fundação Nacional dos Povos Indígenas (Funai) levou oito anos para montar o grupo técnico responsável por elaborar o Relatório Circunstanciado de Identificação e Delimitação (RCID) do território, que foi publicado no Diário Oficial da União em abril de 2016. Após contestações administrativas, o relatório foi considerado improcedente.
O MPF destaca que, em 2019, o processo de demarcação foi devolvido à Funai de forma injustificada, interrompendo a demarcação da Terra Indígena. A Funai reenviou o processo ao Ministério da Justiça e Segurança Pública em abril deste ano, alegando que todos os elementos caracterizadores da ocupação tradicional na área foram preenchidos, e o ministro titular da pasta teria até 30 dias para expedir a portaria declaratória dos limites da terra indígena, o que ainda não aconteceu.
O Ministério da Justiça e Segurança Pública informou que recebeu 11 processos para emissão da Portaria Declaratória, que estão sob apreciação na Secretaria de Acesso à Justiça (Saju/ MJSP) nos termos do Decreto 1.775 de 1996.
Diante da urgência em regularizar a situação da Terra Indígena Munduruku e visando a garantia dos direitos e proteção desta comunidade, espera-se que a recomendação do MPF seja atendida pelo ministro Flávio Dino. A comunidade munduruku há anos aguarda por justiça e reconhecimento de seus direitos territoriais, e a demora na análise deste processo coloca em risco o bem-estar e a subsistência dessas pessoas.
