Na etapa de pactuação, cada unidade federativa que aderiu ao Programa Escola em Tempo Integral precisa acessar o Sistema Integrado de Monitoramento Execução e Controle (Simec) para indicar o total de matrículas e os segmentos escolares em que serão criadas as vagas, como creche, pré-escola, ensino fundamental e ensino médio para a rede estadual. Além disso, é necessário apresentar a Política de Educação Integral, nos municípios que já a tenham criado.
O prazo inicial para essa segunda etapa do programa terminou no dia 15 de outubro, porém, municípios dos estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina e Amazonas enfrentavam adversidades climáticas como chuvas intensas, seca e queimadas, o que levou à prorrogação do prazo para as localidades afetadas. Na primeira etapa do programa, todos os estados brasileiros e 86% das cidades do país aderiram ao programa.
Atualmente, o programa se encontra na terceira etapa, que prevê a redistribuição das matrículas não pactuadas até o dia 31 de outubro. As secretarias de educação interessadas em ampliar a quantidade de matrículas inicialmente pactuadas devem manifestar seu interesse nessa fase. Vale ressaltar que o decreto para locais em estado de calamidade pública não altera esse prazo.
O Programa Escola em Tempo Integral foi criado com o propósito de ampliar as vagas em tempo integral no ensino básico. A meta estabelecida para 2023 é de 1 milhão de matrículas nessa modalidade, e até 2026, esperam-se 3,2 milhões de matrículas. Segundo a Lei nº 14.640/2023, que institui o programa, é necessário que uma vaga escolar ofereça no mínimo sete horas diárias, ou 35 horas semanais de atividades escolares em dois turnos para ser considerada ensino em tempo integral. Ainda é incerto quando serão divulgados os resultados dessa pactuação de metas.