Um dos principais programas federais que utilizam a nota do Enem é o Sistema de Seleção Unificada (Sisu), que direciona estudantes para vagas em universidades federais e demais instituições públicas de ensino superior. Para concorrer, os candidatos não podem ter tirado zero na prova de redação. O Sisu geralmente tem duas edições no ano. A primeira delas ocorre nos primeiros meses do ano seguinte à aplicação do Enem.
Além dos processos seletivos conduzidos pelo governo federal, as instituições de ensino públicas e privadas têm liberdade para usar as notas em processos próprios. Os candidatos podem checar nas instituições onde têm interesse em estudar quais são os critérios adotados. Os estudantes que fizeram o Enem podem ainda concorrer a vagas em instituições de ensino fora do Brasil. Atualmente, o Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep) tem convênio com 51 instituições de ensino em Portugal. Cada instituição define as regras e os pesos para uso das notas. A lista das instituições está disponível no portal do Inep.
O Enem Portugal, como é chamado o programa de acordos interinstitucionais entre o Inep e as instituições de educação superior portuguesas não envolve transferência de recursos e não prevê financiamento estudantil pelo governo brasileiro.
As notas também podem ser usadas para concorrer a bolsas de ensino em instituições privadas. O Programa Universidade para Todos oferece bolsas de estudo integrais (100%) e parciais (50%) para cursos de graduação em instituições privadas. Os processos seletivos do Prouni ocorrem duas vezes ao ano e têm como público-alvo o estudante sem diploma de nível superior.
Para concorrer às bolsas integrais do ProUni, o estudante deve comprovar renda familiar bruta mensal, por pessoa, de até 1,5 salário mínimo. Para as bolsas parciais, a renda familiar bruta mensal deve ser de até três salários mínimos por pessoa. É preciso também não ter zerado a redação do Enem e ter obtido, no mínimo, 450 pontos na média das notas das provas.
Outra forma de usar a nota no Enem é para obter financiamento estudantil em instituições privadas, por meio do Fundo de Financiamento Estudantil (Fies).
Para se inscrever no Fies, o candidato deve ter obtido média aritmética das notas nas provas do Enem igual ou superior a 450 pontos e nota superior a zero na redação. Também é necessário ter renda familiar mensal bruta, por pessoa, de até três salários mínimos.
